Human mobility in cities is shaped not only by visible structures such as highways, rivers, and parks but also by invisible barriers rooted in socioeconomic segregation, uneven access to amenities, and administrative divisions. Yet identifying and quantifying these barriers at scale and their relative importance on people's movements remains a major challenge. Neural embedding models, originally developed for language, offer a powerful way to capture the complexity of human mobility from large-scale data. Here, we apply this approach to 25.4 million observed trajectories across 11 major U.S. cities, learning mobility embeddings that reveal how people move through urban space. These mobility embeddings define a functional distance between places, one that reflects behavioral rather than physical proximity, and allow us to detect barriers between neighborhoods that are geographically close but behaviorally disconnected. We find that the strongest predictors of these barriers are differences in access to amenities, administrative borders, and residential segregation by income and race. These invisible borders are concentrated in urban cores and persist across cities, spatial scales, and time periods. Physical infrastructure, such as highways and parks, plays a secondary but still significant role, especially at short distances. We also find that individuals who cross barriers tend to do so outside of traditional commuting hours and are more likely to live in areas with greater racial diversity, and higher transit use or income. Together, these findings reveal how spatial, social, and behavioral forces structure urban accessibility and provide a scalable framework to detect and monitor barriers in cities, with applications in planning, policy evaluation, and equity analysis.


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