In a screening experiment, genes are transduced into cells to determine their effects. Transduced cells can burst, spilling their contents into the surrounding media. As a result, sequenced droplets can contain RNA-sequences from other cells, complicating efforts to identify transduced factors. This paper develops a systematic approach to this problem by (1) deriving an exact form for the distribution of observed noise counts assuming that they are the result of cells bursting and mixing through a large volume, and (2) applying this distribution to label cells with their transduced genes. Experiments support that all exogenous genes can be described by a single noise model with shared parameters. The labeled cells can then be translated into better understanding of genes' effects on cell type and function.


翻译:在筛查实验中,基因被转导入细胞中以确定它们的影响。转导的细胞可能会破裂,将其内容物溢出到周围介质中。因此,测序的液滴可能包含来自其他细胞的RNA序列,为确定转导因子带来了困难。本文通过(1)推导出假设噪声计数是细胞破裂并通过大体积混合后的结果的观察分布的精确形式来开发系统方法,并(2)将该分布应用于标记细胞中的转导基因。实验支持所有外源基因都可以用具有共享参数的单个噪声模型来描述。然后可以将标记的细胞转化为更好地了解基因对细胞类型和功能的影响。

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