Molecular dynamics simulations have emerged as a fundamental instrument for studying biomolecules. At the same time, it is desirable to perform simulations of a collection of particles under various conditions in which the molecules can fluctuate. In this paper, we explore and adapt the soft prompt-based learning method to molecular dynamics tasks. Our model can remarkably generalize to unseen and out-of-distribution scenarios with limited training data. While our work focuses on temperature as a test case, the versatility of our approach allows for efficient simulation through any continuous dynamic conditions, such as pressure and volumes. Our framework has two stages: 1) Pre-trains with data mixing technique, augments molecular structure data and temperature prompts, then applies a curriculum learning method by increasing the ratio of them smoothly. 2) Meta-learning-based fine-tuning framework improves sample-efficiency of fine-tuning process and gives the soft prompt-tuning better initialization points. Comprehensive experiments reveal that our framework excels in accuracy for in-domain data and demonstrates strong generalization capabilities for unseen and out-of-distribution samples.


翻译:暂无翻译

0
下载
关闭预览

相关内容

FlowQA: Grasping Flow in History for Conversational Machine Comprehension
专知会员服务
34+阅读 · 2019年10月18日
Keras François Chollet 《Deep Learning with Python 》, 386页pdf
专知会员服务
163+阅读 · 2019年10月12日
Transferring Knowledge across Learning Processes
CreateAMind
29+阅读 · 2019年5月18日
Unsupervised Learning via Meta-Learning
CreateAMind
43+阅读 · 2019年1月3日
STRCF for Visual Object Tracking
统计学习与视觉计算组
15+阅读 · 2018年5月29日
Focal Loss for Dense Object Detection
统计学习与视觉计算组
12+阅读 · 2018年3月15日
IJCAI | Cascade Dynamics Modeling with Attention-based RNN
KingsGarden
13+阅读 · 2017年7月16日
国家自然科学基金
2+阅读 · 2017年12月31日
国家自然科学基金
13+阅读 · 2017年12月31日
国家自然科学基金
2+阅读 · 2015年12月31日
国家自然科学基金
2+阅读 · 2015年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2014年12月31日
VIP会员
相关资讯
Transferring Knowledge across Learning Processes
CreateAMind
29+阅读 · 2019年5月18日
Unsupervised Learning via Meta-Learning
CreateAMind
43+阅读 · 2019年1月3日
STRCF for Visual Object Tracking
统计学习与视觉计算组
15+阅读 · 2018年5月29日
Focal Loss for Dense Object Detection
统计学习与视觉计算组
12+阅读 · 2018年3月15日
IJCAI | Cascade Dynamics Modeling with Attention-based RNN
KingsGarden
13+阅读 · 2017年7月16日
相关基金
国家自然科学基金
2+阅读 · 2017年12月31日
国家自然科学基金
13+阅读 · 2017年12月31日
国家自然科学基金
2+阅读 · 2015年12月31日
国家自然科学基金
2+阅读 · 2015年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2014年12月31日
Top
微信扫码咨询专知VIP会员